Iniciou sua carreia nas categorias de base do Goiás como meio de campo, e aos 16 anos passou a jogar no time profissional. Foi no Goiás onde passou a ter destaque no cenário futebolístico, entre 1995 e 2001, quando conquistou 5 estaduais, 2 Copa Centro Oeste e um brasileiro Série B na posição de meio de campo.
Devido ao seu futebol de grande técnica e seus cabeceios certeiros, teve a oportunidade de ir para a Europa, onde jogou pelo Olympique de Marselha, por quase três anos, depois foi transferido para o Toulouse, também da França, lá começou a jgoar de atacante.
Na volta para o Brasil, Fernandão foi para o Internacional, sendo que Fernando Carvalho, presidente do Internacional na época, fez grande esforço para contratar o jogador. Foi no Inter onde atingiu seu melhor momento no futebol. Logo em seu jogo de estréia, marcou o milésimo gol da história dos Clássicos Gre-Nais, feito que lhe rendeu uma placa e o fez cair nas graças da torcida colorada.
Após se adaptar rapidamente ao futebol gaúcho, chegou a vestir a camisa da Seleção Brasileira em um amistoso contra a Seleção da Guatemala.
Em 2006, Fernandão foi o capitão do time que deu ao Internacional os seus dois maiores títulos: a Copa Libertadores da América e o Mundial de Clubes FIFA. Ele foi decisivo, marcando um gol e dando passe para o outro na grande final da Libertadores com o São Paulo, partida na qual foi eleito pela patrocinadora do torneio melhor jogador em campo.
Na conquista da Copa Dubai de 2008 foi fundamental para o Internacional, fazendo um gol de fora da área contra a Inter de Milão.
Em 14 de junho de 2008, foi anunciada a sua transferência para o Al-Gharafa. Fernandão saiu do Internacional como um dos maiores ídolos da história do time. E prometeu voltar ao clube futuramente, Seja como dirigente, seja como jogador ou seja como torcedor.
| Pelo Goiais | Pelo INTERNACIONAL |
| Campeonato Goiano: 1996, 1997, 1998, 1999 e 2000. | Copa Libertadores: 2006 |
| Campeonato Brasileiro da Série B: 1999. | Mundial de Clubes: 2006 |
| Copa Centro-Oeste: 2000 e 2001. | Recopa Sul-Americana: 2007 |
| Copa Dubai 2008 | |
| Campeonato Gaúcho: 2005 e 2008 |
