O Esporte Clube Pelotas começou a surgir na noite de 13 de setembro de 1908, quando, numa reunião na casa do Dr. Joaquim Luiz Osório, na Rua 15 de Novembro, 471, foi acertada a fusão de dois clubes: Club Sportivo Internacional e Foot-ball Club.
Participaram da reunião os senhores: Joaquim Luiz Osório, Leopoldo de Souza Soares, Francisco Rheingantz e João Frederico Nebel. Os dois primeiros eram presidentes do Internacional e do Foot-ball Club, respectivamente.
O objetivo era fundar, na época, uma associação desportiva que estivesse à altura do progresso que Pelotas vinha experimentando. Caso a fusão fosse concretizada, o novo clube, em homenagem à cidade, levaria o seu nome e as suas cores seriam o azul e o amarelo.
As negociações foram crescendo e, no dia 11 de outubro de 1908, nos salões do Club Caixeral, os sócios dos dois clubes aceitaram a proposta e criaram o SPORT CLUB PELOTAS.
O primeiro grande triunfo futebolístico do E. C. Pelotas ocorreu no dia 24 de outubro de 1909 quando, jogando em seu estádio (A Boca do Lobo), derrotou o Sport Club Rio Grande (clube de futebol mais antigo do país), que desde a sua fundação nunca havia perdido uma partida.
Seguiram-se ainda outros feitos memoráveis dentro do futebol:
- organização do primeiro torneio intermunicipal de futebol do RS em 1910;
- jogo contra o "scratch" uruguaio em 1911 (primeira partida disputada pela seleção uruguaia no país);
- disputa de inúmeras partidas contra clubes e seleções argentinas, gaúchas, cariocas e paulistas;
- realização, em 1918, do Congresso Rio Grandense de Futebol, que resultou na criação da Federação Gaúcha de Futebol, por iniciativa do E. C. Pelotas; além de outras realizações.
Pelo seu pioneirismo e tradição em competições, o E. C. Pelotas sempre foi e sempre será considerado um dos principais clubes esportivos do estado, colecionando ao longo de sua história inúmeros títulos, não só no futebol mas também em outros esportes: futsal, tênis, basquete, hóquei, remo, natação e atletismo, entre outros.